宏基因组测序（mNGS）在新发突发传染病以及常规检验阴性的感染性疾病诊断中发挥了重要作用。近期，国内相继发表了多个共识阐述了临床应用及实验室规范，但生物信息分析程序及方法也是mNGS重要环节，而目前学界尚未有一致的认识。为提高临床对mNGS结果的理解，首都医科大学附属北京同仁医院检验科鲁辛辛教授、解放军总医院第一医学中心临床检验科王成彬教授作为通讯作者，根据国内外的发展现状，结合国内测序实验室常规做法，发表了专家共识，从数据库构建、下机数据比对、结果注释、平台及人员素质等方面提出了规范化要求。